১৯৫৭ সালে যশোরে বেনাপোল চেকপোস্ট চালু করা হয়। ২০০০ সালে বেনাপোল পূর্ণাঙ্গ কাস্টম হাউস হিসেবে প্রতিষ্ঠিত হয়। এখানে বছরে প্রায় ৩০ হাজার কোটি টাকার বাণিজ্যিক লেনদেন হয় এবং প্রতিদিন ১০ হাজার মানুষ যাতায়াত করেন। কাস্টম হাউসটি ক্রমেই আধুনিক করা হচ্ছে। 
বর্তমান কমিশনার মোহাম্মদ বেলাল হোসাইন চৌধুরী দায়িত্ব নেওয়ার পর রাজস্ব ফাঁকি রোধ, শুল্কায়ন ও আমদানি-রপ্তানি প্রক্রিয়ায় ব্যাপক পরিবর্তন এসেছে। এ কাস্টম হাউসকে সম্পূর্ণ ডিজিটালাইজেশনের আওতায় আনা হয়েছে। স্বাধীনতার ৪৬ বছর পর চালু করা হয়েছে বাইপাস সড়কসহ বেশকিছু নতুন স্থাপনা। কমিশনার মোহাম্মদ বেলাল হোসাইন চৌধুরী বলেন, আমি চাই, ব্যবসায়ীদের আমদানি-রপ্তানি প্রক্রিয়া আরও সহজ ও গতিশীল হোক। আমি এখানে যোগদান করার পর থেকেই এ উদ্দেশ্যে কাজ করে যাচ্ছি। বন্দর উন্নয়নে বেনাপাস সফটওয়্যার, আমদানি-রপ্তানিতে নতুন গেট স্থাপন, রাস্তার উন্নয়ন, উন্নত বন্দর ব্যবস্থাপনা, আধুনিক কেমিক্যাল ল্যাবরেটরিসহ বেশকিছু বিষয় সংযোজন করা হয়েছে। ফলে পণ্য আমদানি-রপ্তানি অনেক গতিশীল হয়েছে। আগে আমদানিকৃত পণ্য ছাড় করতে ১০ থেকে ১৫ দিন লেগে যেত, এখন তা ১ ঘণ্টায় নেমে এসেছে।